År 1986 firade Uppsala 700 år som stad. Detta vara en mycket festlig dag och den svenska kungen deltog i firandet. Långt innan Uppsala fick sina stadsprivilegier fanns det bebyggelse vid Fyrisån. På det ställe i Uppsala där nu Kvarnfallet finns mitt inne i Uppsala fanns här en marknadsplats redan på 1000-talet. Här fanns ett par små holmar i Fyrisån och det gick därför att ta sig över ån på detta ställe. Köpmännen förstod att detta var ett bra ställe att sätta upp små bodar för försäljning till de människor som samlades här för att ta sig över Fyrisån. Man byggde då på den östra stranden av ån. Under 1200-talet växte Uppsala och flera kyrkor byggdes under detta århundrade. Här fanns också vid denna tid ett tingsställe för Uppland och varje år hölls en stor marknad på platsen. Marknaden kallades “Distingen”.
Fyrisån hette tidigare Salaån. Namnet Uppsala betyder troligen “det högre upp belägna Sala”. Ända sedan 1200-talet har det funnits en viss skillnad mellan människor som bodde på den östra sidan och de som bodde på den västra sidan. Den västliga sidan av Uppsala har kallats “akademistaden” och den östliga har gått under benämningen “borgarstaden”.
Ett religiöst centrum
Under senare delen av medeltiden var Uppsala ett mycket viktigt religiöst centrum och uppfattades av många som huvudstad.
Redan på 1100-talet fanns det i Uppsala en stiftskyrka. Den låg i det område som idag kallas “Gamla Uppsala”. 
Redan många århundraden tidigare hade detta område varit ett religiöst centrum. Folk kom resande uppför ån för att delta vid religiösa sammankomster. Eftersom landhöjningen påverkade vattendragen blev det svårare för människor att ta sig fram efter vattenleden. Till råga på allt brann Domkyrkan i Gamla Uppsala ned under 1200-talet. Det var nödvändigt att göra något åt saken och under mitten av 1200-talet bestämde påven, att domkyrkan skulle flyttas från Gamla Uppsala. I och med flytten överfördes ärkebiskopssätet från Gamla Uppsala till Uppsala. Det dröjde dock flera hundra år innan den nya domkyrkan stod klar.
Vasakungarna
Under reformationen drabbades Uppsala domkyrka och Uppsala universitet hårt. Gustav Vasa drev sin politik kraftfullt och detta ledde till att domkyrkan förlorade mycket av sina vackra guld- och silverskatter. Katedralens status ändrades från att ha varit domkyrka till att bli en mindre församlingskyrka. Utbildningen vid universitetet bedrevs enbart i minimal omfattning eller stannade av helt. Som om det inte var nog med de politiska besluten drabbades också Uppsala av en omfattande brand under mitten av 1500-talet, vilket resulterade i att den östra delen av Uppsala lades i ruiner. Det var dock så att Gustav Vasa inte enbart var till ondo för Uppsala. Det var han som påbörjade bygget av det fantastiska Uppsala Slott. Byggnationerna av slottet fortsatte sedan under hans son Erik XIV:s tid.
Johan III, son till Gustav Vasa, kom till makten efter Eriks fall och han satsade mycket på att bygga upp Uppsala. Han fortsatte med den uppbyggnad av slottet som Gustav Vasa påbörjat och han restaurerade också domkyrkan. Dessutom lät han också restaurera Trefaldighetskyrkan som tidigare förfallit. Han satsade också på att få igång verksamheten på universitetet.
1700-talet
Vid början av 1700-talet drabbades Stockholm och Uppsala av pesten. Denna sjukdom skördade många liv och några år före det hade också en svår brand drabbat Uppsala. Domkyrkans vackra renässansspiror förstördes helt vid denna brand. Mot mitten av 1700-talet återhämtade sig ekonomin och människorna i Uppsala fick det bättre. Den skickliga arkitekten Carl Hårleman fick i uppdrag att bygga nya torn på domkyrkan och dessa “Hårlemanska huvar” var i 150 år ett kännetecken för Uppsala.
1800-talet
Från att ha varit en stad som varit mycket lantlig med grisar som gick omkring och bökade på gator och torg utvecklades Uppsala starkt under 1800-talet. Det var tidigare svårt för studenterna att ta sig till Uppsala. Det fanns inga andra möjligheter än att åka hästskjuts. Under 1800-talet byggdes järnvägen från Stockholm och i och med den kom den stora förändringen. Nu tog det inte lång tid att ta sig in till huvudstaden. Befolkningsantalet steg kraftigt och i slutet av 1800-talet bodde mer än 20 000 människor i Uppsala.
1900-talet
Tack vare att kommunikationerna förbättrades fick industrialiseringen i Uppsala en kraftig skjuts. I och med att Uppsala fick många nya industrier förstärktes skillnaderna mellan den östra och den västra delen av Uppsala. Mängder av nya bostäder byggdes och många stenhus restes i innerstaden. Under denna tid anlades också ett antal trädgårdskvarter i utkanten av staden och Uppsala bredde ut sig. Här växte bland annat en stark skoindustri fram. Kända produkter från Uppsala under denna tid var Hästens skor, cyklar från Nymans och Gahns tvålar. Dessa produkter tillverkas inte idag. En stor industri i Uppsala är Pharmacia som tillverkar läkemedel.